Sekolah Menengah Kebangsaan Skudai Baru mula beroperasi pada 1 Januari 1998 di bawah pengurusan pengetuanya yang pertama iaitu Tuan Haji A. Manaf bin Muslimin. Pada peringkat awalnya, seramai 72 orang guru yang melibatkan sesi pagi dan sesi petang telah ditugaskan untuk menjadi tenaga pengajar perintis di sekolah ini.